1958年,舟山水产学院设立海洋捕捞系和水产养殖系,开始招收工业捕鱼、海水养殖等本科专业; 1959年,舟山水产学院海洋捕捞系和水产养殖系分别更名为浙江农业大学舟山水产学院海洋捕捞系和水产养殖系。 1962年,浙江农业大学舟山水产学院海洋捕捞系更名为舟山水产学院海洋渔业系,浙江农业大学舟山水产学院水产养殖系恢复为舟山水产学院水产养殖系; 1975年,舟山水产学院海洋捕捞系和水产养殖系分别更名为浙江水产学院海洋渔业系和水产养殖系; 1991年,浙江水产学院海洋渔业系更名为浙江水产学院渔业工程系; 1996年,浙江水产学院水产养殖系随同浙江水产学院宁波分院一同并入宁波大学; 1998年,浙江水产学院渔业工程系更名为浙江海洋学院渔业科学系; 1999年,浙江海洋学院渔业科学系、航海系和海洋科学系合并为海洋系; 2000年,浙江海洋学院渔业学院组建,同年水产养殖专业恢复招生,农业资源与环境本科专业2003年开始招生,捕捞学硕士研究生2007年开始招生; 2009年,浙江海洋学院渔业学院更名为浙江海洋学院水产学院,同年,农业推广(渔业领域)专业硕士研究生开始招生,农业推广(养殖领域)专业硕士研究生2010年开始招生,水产学一级学科(下设捕捞学、渔业资源、水产养殖、渔业经济与管理等二级学科)硕士研究生2011年开始招生,2014年11月国务院学位委员会将“农业推广硕士”定名为“农业硕士”,农业推广(养殖领域)2015年起停招,海洋生物资源与环境本科专业2012年开始招生,2013年改名为海洋资源与环境专业; 2016年,浙江海洋学院水产学院更名为浙江海洋大学水产学院,水族科学与技术本科专业2022年开始招生。